Pillars se déroule dans un monde ou le fossé entre les riches et les pauvres s'est tellement creusé que deux sociétés complètement distinctes et différentes ont évoluées et vivent chacune de leur coté. L'interaction entre elles a complètement cessé. La classe dominante a construit des structures colossales, les piliers, au dessus du niveau du sol et le tout est régit par un gouvernement qui refuse le droit à ses citoyens d'avoir quelconques rapports avec ceux du dessous voir de connaître quand à l'existence même des ces gens. Mais dans les bas fond des personnes s'organisent...
Emerson Tex est un technicien de service ennuyeux, fatigué, alcoolique et blasé, qui travail pour le gouvernement au département Structure. Un jour il reçoit un mystérieux message qui va changer sa triste et morne vie le mettant au centre d'un conflit le dépassant...

Pillars est une Totale Conversion pour Doom 3 qui est principalement développé par des étudiants de l'université de Stuttgart pour leur projet d'étude et ils sont donc motivés car ils seront notés pour leurs travaux sur cette modification (Trois d'entre eux étudient l'architecture et deux autres l'informatique).